Прошло тридцать один год после разрушительной Третьей мировой войны и ядерного удара по столице Японии. На её месте возвышается Нью-Токио — город, внешне демонстрирующий порядок, но скрывающий глубокие трещины в своём основании. Страна превратилась в профашистское государство, безжалостно подавляющее любые признаки инакомыслия. В секретных лабораториях ведутся парапсихологические эксперименты над людьми, целью которых является создание идеального оружия.
Во главе этих исследований стоит полковник Сикисима, чьи амбициозные проекты биологических военных экспериментов приводят к нарастающему конфликту с правительством. Тем временем по всей стране распространяется религиозный культ, поклоняющийся сверхчеловеку по имени Акира. Его последователи верят, что приход этого мессии способен разрешить все проблемы, терзающие Японию, и даровать ей новое будущее.