Испания, 1944 год. В густых лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. Тем временем юная Офелия, мечтательная десятилетняя девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему новому отчиму — капитану Видалю. Этот безжалостный офицер армии Франко одержим идеей уничтожить повстанцев, не считаясь с потерями. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и неожиданно открывает поблизости таинственный заброшенный лабиринт.
Внутри лабиринта девочку встречает фея, которая приводит её к Фавну — древнему хранителю подземного царства. Существо открывает Офелии невероятную тайну: она — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую ищут уже много столетий. Чтобы вернуться в своё истинное королевство и воссоединиться с отцом-королём, Офелия должна до полнолуния выполнить три опасных испытания, храня свою миссию в строжайшей тайне ото всех.